Teoría de la Reserva Federal
Una teoría menciona la emisión de alrededor de cuatro mil millones de dólares con respaldo plata -y posteriormente oro- para quitarle el monopolio a la Reserva Federal, privada (Rockefeller y la Casa Morgan) de capitales extranjeros de la familia Rothschild (algunos de los doce bancos tienen sedes en Londres o en paraísos fiscales). También el retiro de las tropas de Vietnam afectaría a los intereses de esos bancos. La cabeza de la organización llamada Reserva Federal era la familia Rothschild, que a su vez organizó un monopolio mundial de bancos federales en los principales países del mundo.
Teoría de Lyndon B. Johnson
El vicepresidente en aquel momento, Lyndon B. Johnson, fue nombrado presidente como resultado del asesinato. Como muchos vicepresidentes de los Estados Unidos, la elección de Kennedy de tener como compañero en la carrera presidencial a Johnson era un intento de proveer un ´balance regional´ a la apuesta del Partido Demócrata. Sin embargo, corría el rumor de que Kennedy estaba considerando despedir a LBJ como vicepresidente para las elecciones de 1964.
Teoría de la conexión Lyndon B. Johnson-Billie Sol Estes (la conexión texana)
Elaborada en el libro JFK el último testigo, escrito por el periodista francés William Reymond, a partir del testimonio del magnate tejano Billie Sol Estes. Considera que este empresario y financiero estableció vínculos irregulares con su amigo, el entonces gobernador de Texas Lyndon B. Johnson y luego Senador. Esta teoría indica que Robert Francis "Bobby" Kennedy, fiscal general de los Estados Unidos y hermano del presidente, planeaba juzgar al vicepresidente Johnson por diversos delitos, desde crímenes, hasta malversación de fondos.
Teoría de Lyndon B. Johnson y exconvictos francotiradores
Una teoría revela que el vicepresidente de los Estados Unidos, Lyndon Johnson, acosado por las investigaciones respecto a su participación en escándalos de alto nivel, decide organizar un atentado contra el presidente John F. Kennedy para asumir la presidencia y evitar la cárcel o ser destituido (proceso de destitución).
Teoría de Richard Nixon
Hay quienes creen que Nixon tuvo algo que ver en el asesinato de JFK. Según ellos, Nixon sentía animadversión y molestia hacia su presidente debido a que estaba muy resentido porque le «robó» la presidencia en 1960. Además, esto se sumó al supuesto rumor y temor de que JFK ganara las elecciones en 1964, dándole así fuerza a Robert F. Kennedy para ganar las elecciones en 1968 y tal vez, en 1972 también. Una década de Kennedys en la presidencia de los Estados Unidos y con evidente poder del Partido Demócrata en el Senado.
Teoría de la CIA con exiliados cubanos anticastristas
La Agencia Central de Inteligencia o CIA fue frecuentemente mencionada en teorías de conspiración durante la década de 1960 y 1970, y estuvo envuelta en varias conspiraciones para asesinar a líderes extranjeros. Hace 25 años se prohibió a la CIA llevar a cabo asesinatos, pero actualmente se está tratando de levantar tal prohibición. Kennedy le dijo a su colaborador Clark Clifford (al poco tiempo de la fallida invasión de la Bahía de Cochinos) que, "Algo muy malo está ocurriendo dentro de la CIA y quiero saber qué es. Quiero desmantelar en mil pedazos a la CIA y moverlos a los cuatro vientos.
Teoría de la Mafia y Hoover
Está muy bien documentado que antes de que el presidente Kennedy fuera elegido, Hoover raramente reconocía la existencia de la Mafia. Jack Anderson informó sobre los aparentes lazos de J. Edgar Hoover con la Mafia, así como sobre la reticencia del FBI a perseguir a sus miembros. El genio financiero de la Mafia Meyer Lansky supuestamente habría chantajeado a Hoover con respecto a su homosexualidad hacia 1935.
Teoría del crimen organizado y la CIA
Otra posible conspiración habría sido orquestada por la mafia, como respuesta a los crecientes juicios a los que el nuevo fiscal general, Robert F. Kennedy, sometía a estas organizaciones criminales (estos juicios se incrementaron hasta en doce veces respecto al período del presidente Dwight Eisenhower). Documentos no vistos por la Comisión Warren revelan que la mafia estuvo trabajando en conjunto con la CIA en varios intentos de asesinato de Fidel Castro.
Teoría de la conspiración israelí
El Gobierno israelí no estaba contento con las presiones que estaba ejerciendo Kennedy en contra de su programa nuclear secreto o, los israelíes estaban molestos por las simpatías de Kennedy hacia los árabes, y la utilización de hombres que antes habían sido empleados de los nazis en sus programas espaciales, tales como Wernher von Braun. El gánster Meyer Lansky y el vicepresidente Lyndon B. Johnson usualmente forman parte de esta teoría como organizadores del golpe, por lo que también son utilizados en varias de las otras teorías.
Teoría de Agentes del Servicio Secreto
Dos agentes del Servicio Secreto de los Estados Unidos no estaban en sus puestos. El automóvil que ocupó Kennedy tenía dos estribos en el paragolpes trasero y dos piezas soldadas a la carrocería para que dos agentes se agarraran en ellas y estuvieran de pie tras el presidente y la primera dama, haciendo de escudos humanos. Esta medida elemental de seguridad se realiza con el fin de dificultar disparos hechos desde atrás, arriba y desde la lejanía. Ninguno de los dos estuvo en su puesto en el momento de los disparos, como se puede verificar en todas las filmaciones existentes. Agentes del Servicio Secreto